François Schuiten est né à Bruxelles le 26 avril 1956, dans une famille où l’architecture tient une grande place.
Il réalise deux albums avec Claude Renard : Aux médianes de Cymbiola et Le Rail. Avec son frère Luc, il élabore le cycle des Terres creuses. Depuis 1980, il travaille avec Benoît Peeters à la série Les Cités Obscures. Ses albums ont été traduits en une quinzaine de langues et ont obtenu de nombreux prix. Il a réalisé de nombreuses illustrations, affiches et timbres-poste partout en Europe
François Schuiten a également conçu les stations de métro « Arts et Métiers » à Paris et « Porte de Hal » à Bruxelles, et scénographié divers spectacles d’opéra et de danse. Il a participé à la conception des films Taxandria, Les Quarxs, Mr Nobody et Mars et Avril. Il a conçu des pavillons pour plusieurs expositions universelles : le pavillon du Luxembourg à Séville en 1992, le parc thématique des utopies à Hanovre en 2000 – qui a accueilli cinq millions de visiteurs –, et le pavillon belge à l'Exposition mondiale de Aïchi (Japon) en 2005.
En 2002, il a obtenu le grand prix d’Angoulême pour l’ensemble de son œuvre.
Il a publié son premier livre en solo, La Douce, en 2012 et a conçu un musée du train, le Train World, qui a ouvert ses portes à Bruxelles en 2015.
En 2019, il publie Le dernier pharaon, un spin off des aventures de Blake et Mortimer.