Né à Chicago en 1961, Daniel Clowes se diplôme en 1984 au Pratt Institute de Brooklyn. Son premier travail en tant que dessinateur de bandes dessinées, The Uggly Family, paraît en 1985 dans le magazine Cracked. En 1985, son personnage Lloyd Llewellyn fait sa première apparition dans le numéro 13 de Love and Rockets, la série des frères Hernandez publiée par Fantagraphics Books. En 1989, toujours chez Fantagraphics, Clowes réalise le premier numéro de Eightball, où seront publiées au fil des ans ses histoires recueillies ensuite en volumes (Like a Velvet Glove Cast in Iron, Pussey!, Ghost World, David Boring, Ice Haven, The Death Ray). La publication régulière de Eightball durera jusqu’en 2004.
De septembre 2007 à janvier 2008, le New York Times publie les 20 épisodes de Mister Wonderful dans un supplément spécial qui rappelle les anciennes pages du dimanche des quotidiens. Mister Wonderful sera publié en volume en 2011, dans une édition revue et augmentée. En 2010, Clowes publie Wilson, sa première œuvre n’ayant pas fait l’objet d’une prépublication dans une revue ou un comic-book. En 2012, il expose ses œuvres à l’Oakland Museum of California. Il est un des très rares auteurs de bande dessinée à avoir exposé dans un musée étasunien. En 2016, il publie Patience son plus long récit en bande dessinée jusqu’à ce jour.
Au cours de sa carrière, Daniel Clowes a remporté plusieurs prix pour son travail, notamment deux Harvey Awards pour les scénariis de Eightball. Ghost World, sou œuvre culte, est porté à l’écran par Terry Zwigoff en 2001. Le film connait un succès exceptionnel et contribue largement à faire connaître l’ensemble de l’œuvre de Clowes.